潔凈醫學實驗室由于涉及的實驗領域比較寬泛，應該根據具體的實驗工藝要求確定其各項技術指標。無菌實驗室的潔凈等級通常為萬級，主要的操作間可以設計成萬級背景下的局部百級；PCR實驗室的潔凈等級通常為十萬級；PET中心的潔凈度通常為萬級；生物安全實驗室的為十萬級或者萬級，具體的潔凈度等級依據實驗室的具體操作要求確定。
沒有局部排風的正壓十萬級實驗室換氣次數宜為10-15次/h；有局部排風的正壓十萬級實驗室換氣次數應考慮局部排風量的大小確定。沒有局部排風的正壓萬級實驗室換氣次數宜為15-25次/h；有局部排風的正壓十萬級實驗室換氣次數應考慮局部排風量的大小確定。
局部百級的截面風速宜為0.2-0.4m/s。實驗室的夏季室內溫度宜為24-28℃，冬季室內溫度宜為20-24℃。實驗室的夏季室內相對濕度宜為50%-65%，冬季室內相對濕度宜為30%-50%。
實驗室的主要操作間的平均照度宜大于等于300lx，輔助區的照度宜大于等于200lx。沒有局部排風設備的實驗室的噪聲宜小于等于60dB（A），有局部排風設備的實驗室噪聲宜小于等于65 dB（A）。正壓潔凈室對外的靜壓差值應大于等于10Pa，不同級別之間的相鄰相通房間之間靜壓差值大于等于5Pa，有工藝要求維持相對負壓的房間之間靜壓差值大于等于5Pa。
負壓潔凈室的壓力梯度按照《實驗室生物安全通用要求》GB19489-2008和《生物安全實驗室建筑技術規范》GB50346-2011確定。正壓實驗室的新風量要滿足大于等于40m3/（人×h）的最低要求，同時兼顧局部排風和維持正壓的要求。
PCR實驗室和PET中心負壓實驗室采用全新風直流式空調系統，全送全排。負壓實驗室和生物安全實驗室依據實驗室工藝要求、《實驗室 生物安全通用要求》GB19489-2008和《生物安全實驗室建筑技術規范》GB50346-2011確定是否采用全新風空調系統。
